(1) 심장 클리닉

선천성 심장병, 가와사끼병, 가슴통증, 부정맥, 고혈압 등 소아 청소년 심장질환에 대한 진단 및 치료

(2) 성장 클리닉

소아 청소년기의 성장에 대한 전문적인 진료를 위한 클리닉으로 키가 작은 저신장증과 지나치게 빠른 사춘기 등 소아 청소년 성장과 관련된 질환의 진단 및 치료

(3) 당뇨병 및 내분비 질환 클리닉

소아 청소년에서 발생하는 당뇨병 및 내분비 질환의 병인, 진단, 치료 및 관리

(4) 미숙아 및 신생아 클리닉

미숙아, 고위험 신생아의 신생아중환자실 퇴원 후 외래 추적 관찰 및 신생아 질환의 외래 진료를 위한 클리닉

(5) 혈액종양 클리닉

빈혈, 혈소판 감소증, 혈우병 등의 혈액 질환과 백혈병, 고형 종양 등 소아 청소년 암에 대한 진단 및 치료

(6) 신경 및 발달 클리닉

소아 청소년에게 발생하는 두통을 포함함 신경계(뇌, 척수, 말초신경, 근육)에 문제가 있는 질환의 진단, 평가 및 치료. 소아기 발달과 관련한 문제를 평가하고 진단 및 상담

(7) 알레르기호흡기 클리닉

폐렴, 결핵, 만성 기침 등 소아 청소년기 호흡기 질환과 아토피피부염, 식품 알레르기, 천식, 비염 등 소아 청소년기 알레르기 질환의 진단 및 치료

(8) 희귀질환센터

2007년부터 질병관리본부에서 경상남북도 전체를 대표하는 지역거점병원으로 지정 받아 다양한 희귀 난치성질환의 전문적인 관리를 담당하며 유전상담, 환우회 운영, 각종 워크숍을 개최. 또한 특정 질환에 대한 유전자 무료진단을 실시